木造住宅の耐震改修の補助金制度は随時行われています。条件としては木造住宅の耐震診断補助金制度に同じです。但し木造住宅の耐震改修補助金制度の方は、木造住宅の耐震診断をした後です。また、その評点が1.0を下回り、「倒壊の恐れあり」の場合です。
木造住宅の耐震改修補助金の金額の限度額は60万円、且つ延床面積×32,600円、且つ耐震改修工事の15.2％です。あくまでも耐震改修工事にかかった部分です。
その流れは下記です

木造住宅の耐震診断補助金申請の耐震性能判断資料の作製資格者は
建設省住木発第17号（平成7年5月29日）通達に基づき
国土交通省監修の「木造住宅の耐震精密診断と補強方法」による
木造住宅の耐震診断・改修講習会の受講修了者です。
※各自治体受付窓口に常備

木造住宅耐震診断報告書
簡易診断
一般診断
精密診断
尚、現行の建物の強度は建築基準法壁量計算と建築接合金物により確認されています。

[例2]　京都の町家の木造住宅の耐震診断補助金
京都の木造住宅の耐震診断の補助金制度は診断士派遣制度となっており、
防災協会監修の耐震診断方法に依ります。
伝統的京町家は（限界耐力計算による）￥5000円、
一般建築は￥2000円を申請者が負担します。

申し込み書類は下記となっています。
■申請書
■付近見取り図
■現況平面図
■現況写真
■住居使用の証明（所有権又は住民票）
参考：京都市京町家耐震診断士派遣事業

京都の木造住宅の耐震補強工事の補助金
下記の2種類に分類されます。
・一般住宅で昭和56年5月31日以前に建てられた物。⇒補助金60万円
・伝統的町家で昭和25年以前の建築で景観地区に在る建物。⇒90万円

補助金の判定は申請から約２ヶ月必要。
工事契約・着工はその後になります。

※町家の場合、実際的な難点としては、耐震補強計算を限界耐力計算に依るので、
可也補強が必要になり、工事費が高くなる傾向にあります。
施主の予算によっては不可能な場合も多いようである